El concurso comenzó en 1989 después de que el ex presidente de la Comisión Europea Jacques Delors decidiera hacerse cargo de una feria de ciencias de ámbito europeo que la empresa holandesa de electrónica Royal Philips había estado dirigiendo desde 1968. Philips sintió que había llegado el momento de que la Unión Europea se hiciera cargo de la organización después de 20 exitosos concursos de Philips.

La Comisión Europea lanzó el concurso en Bruselas con el objetivo de promover la cooperación y el intercambio entre los jóvenes investigadores y darles la oportunidad de discutir su trabajo con algunos de los principales científicos del mundo. Desde entonces, el evento ha sido implementado continuamente dando a una generación de jóvenes investigadores la confianza para perseguir carreras en la ciencia.

El concurso busca apoyar los esfuerzos nacionales para atraer a los jóvenes a estudiar Ciencia, Tecnología, Ingeniería y Matemáticas (STEM), y eventualmente elegir carreras en ciencia e investigación. Antes de llegar a Sofía, Bulgaria, en 2019, el concurso se ha celebrado en 25 ciudades diferentes de 18 países europeos. El número de jóvenes científicos participantes ha crecido de 53 en el primer concurso en 1989 a un promedio de 150 por año y está creciendo continuamente.

Después de ser acogido por Bulgaria en 2019, este año el EUCYS viene a España y tendrá lugar en Salamanca del 15 al 20 de septiembre.